本堂は、嘉永7年（1850年）1月18日未明、牛玉所殿から出火した火災で焼失した。一山の諸檀家が協力して安政3年（1856年）より寄進を集めた。本堂再建の設計は、安政4年（1857年）5月、新堀町の棟梁、時岡弥右衛門幸家と同芳之助幸次、門人小林清三郎義晴とが行い、今も時岡家には1／30の設計図と木骨組みの模型がある。寄進が集まり、地鎮祭を経て、文久2年（1862年）閏8月28日には四本の柱を建てて立柱式が挙行され、本堂は翌3月11日に完成をみた。これが現在の堂宇である。